La actividad de la Unidad de Medicina de Precisión (UMP) de INCLIVA ha sido clave, desde su puesta en marcha, en la investigación traslacional que se desarrolla en este Instituto de Investigación Sanitaria vinculado al Hospital Clínico de Valencia. Esta unidad ha permitido avanzar de un modo constante a lo largo de los últimos años en la medicina personalizada. Con tratamientos adaptados a cada paciente, más eficaces y con menos efectos secundarios.
Los análisis de datos y la secuenciación de las muestras que se realizan en la UMP tienen como base las singularidades genéticas de cada persona. Como explica Pilar Rentero-Garrido, doctora en Bioquímica y Biomedicina, responsable de la UMP de INCLIVA, “el ADN contiene la información genética de todos los seres vivos. Y gracias a esta característica, la Unidad de Medicina de Precisión puede llevar a cabo los diferentes proyectos de caracterización molecular.
Entre los que se encuentra la identificación de pacientes que pueden optar a una terapia experimental en los ensayos clínicos de INCLIVA. La detección de mutaciones o genotipos en poblaciones de estudio de distintos proyectos de investigación o el genotipado de especies animales o vegetales para la identificación de resistencias a infecciones o plagas”.
Panel de 87 genes para el estudio del perfil mutacional
Hoy, 25 de abril, se celebra el Día Internacional del ADN, en conmemoración del descubrimiento por James Watson y Francis Crick, en 1953, de la estructura en doble hélice del ácido desoxirribonucleico (ADN). Uno de los hallazgos científicos más importantes del siglo XX. El ADN es una molécula compleja que se encuentra en el núcleo de las células y es el principal constituyente del material genético de los seres vivos.
La Unidad de Medicina de Precisión de INCLIVA se creó en 2018 con el objetivo principal de dar soporte molecular a la Unidad de Ensayos Clínicos en Fase I Oncológicos de este Instituto de Investigación Sanitaria. Con este fin, la UMP, en colaboración con los diferentes oncólogos, diseñó un panel de 87 genes para el estudio del perfil mutacional de los distintos tumores sólidos susceptibles de acceder a terapia experimental.
A partir de este primer diseño se ha ido ampliando el contenido del panel adaptándose a las nuevas necesidades. En función de los ensayos clínicos que se han abierto en el centro llegando a su cuarta versión en 2021 con un panel de 147 genes. Hasta el momento se ha estudiado a más de 1.500 pacientes. De los que más de un 25% se han podido beneficiar de terapia dirigida. Y aproximadamente un 6%, de terapia dirigida experimental en el marco de los ensayos clínicos Fase I Oncológicos.
Minimización de efectos secundarios graves en los pacientes
Además, desde la UMP se lleva a cabo el estudio de polimorfismos, variaciones de una única base en el ADN con una elevada frecuencia poblacional. Para el estudio farmacogenómico de la sensibilidad a quimioterápicos en pacientes oncológicos, habiéndose procesado, desde marzo de 2020, un total de 650 pacientes. Este cribado minimiza la aparición de efectos secundarios graves en los pacientes que en sus tratamientos necesitan recurrir a derivados del 5-fluoracilo e irinotecan.
Además de su soporte al servicio de Oncología y la Unidad de Ensayos Fase I Oncológicos, la UMP ha prestado sus servicios y conocimientos en el campo de la secuenciación de nueva generación. Todo para el apoyo en los proyectos de otros investigadores tanto de INCLIVA como de otros centros.
En INCLIVA, la UMP colabora, entre otros, con la Unidad de Genómica y Diabetes, el Grupo de Investigación en Cáncer Colorrectal y Nuevos Desarrollos Terapéuticos en Tumores Sólidos (InDest). También colabora en el Grupo de Investigación en Biología en Cáncer de Mama y el Grupo de Investigación Traslacional de Tumores Sólidos Pediátricos. Además de con dos spin-offs surgidas de grupos de investigación de la institución -Sequencing Multiplex S.L. y EpiDisease S.L.– en algunos de sus proyectos.
¿Con qué otros centros colabora?
Por otra parte, la UMP actúa como laboratorio de referencia, junto con la Fundación Jiménez Díaz, en el ensayo clínico ALPHABET. Coordinado por el Dr. José Alejandro Pérez Fidalgo, investigador de INCLIVA- en la detección de mutaciones en el gen PIK3CA en pacientes con cáncer de mama.
Algunos de los centros externos con los que ha colaborado o está colaborando son el Hospital Gregorio Marañón de Madrid, para el estudio de la metilación del ADN en un proyecto pediátrico. El Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Medioambiental (IMIDA), para el estudio del genoma del tomate.
También trabaja con el Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV), con distintos estudios de célula única llevados a cabo. Por un lado, en ratón y, por otro, en el nematodo C.elegans. Finalmente, trabaja también la Facultad de Veterinaria de la Universidad CEU Cardenal Herrera. Para el estudio de la susceptibilidad a la infección por Leishmania en perros.
¿Quiénes somos?
Enrique Seda García (doctor en Bioquímica y Farmacología), Sebastián Blesa Luján (doctor en Biología), ambos con más de diez años de experiencia en el campo de la genómica, y Laura González Castillo (graduada en Bioquímica) son las personas que hacen posible la actividad de la Unidad de Medicina de Precisión de INCLIVA. Bajo la coordinación de la Dra. Pilar Rentero-Garrido. Ella es también profesora asociada de la Facultad de Veterinaria de la Universidad CEU Cardenal Herrera.
La UMP lleva a cabo sus actividades en contacto estrecho con las distintas plataformas y servicios de INCLIVA, siendo vital la interacción con Biobanco para la obtención de las muestras de los proyectos. La Unidad de Bioinformática y Bioestadística, para llevar a cabo los análisis de los datos obtenidos de los secuenciadores. Por otra parte, la Unidad de Informática, para el almacenamiento y gestión del gran volumen de datos que se generan en sus procesos.
La Unidad de Medicina de Precisión dispone de una infraestructura de vanguardia, conseguida casi en su totalidad a partir de las Estrategias FEDER de la Conselleria de Sanidad. La UMP cuenta con dos secuenciadores de nueva generación (MiSeq y NextSeq550) para la secuenciación de las muestras de rutina y proyectos pequeños.
Así como con un escáner de arrays para estudios de genotipado y metilación del ADN. La UMP posee también un sistema nCounter de nanoString y una PCR digital (Bio-Rad) y recientemente ha adquirido el sistema Chromium Controller (10X genomics) para proyectos de estudio de célula única.
