La Fundación Española Fisabio contribuye a rastrear la evolución genética del coronavirus #EURegionsWeek
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Desde el inicio de la pandemia de coronavirus, el Servicio de Secuenciación y Bioinformática de la Fundación Fisabio ha secuenciado cerca de 4.000 muestras del virus del SARS-CoV-2, lo que representa el 70% de las secuencias de virus obtenidas en España.
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Este número de genomas secuenciados sitúa a España como el cuarto país del mundo en número de secuencias aportadas a la red GISAID (Global Public Sequence Repository).
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Esta secuenciación es clave para el conocimiento de la dispersión de los virus y el desarrollo de nuevos fármacos, tratamientos y vacunas.
En los últimos cuatro años, y gracias a una acción cofinanciada por la política de cohesión de la Unión Europea (UE) a través del Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER), la Fundación Fisabio ha destinado más de 9 millones de euros a la mejora de sus infraestructuras en las áreas de Secuenciación y Bioinformática, Deterioro Cognitivo, Enfermedades Raras, Laboratorios de Seguridad Biológica de Nivel 2+ y Nivel 3, Seguridad Alimentaria y la Red Valenciana de Biobancos.
Esta inversión ha resultado ser especialmente útil cuando el coronavirus comenzó a afectar a España y al continente europeo.
Desde el inicio de la pandemia, el Servicio de Secuenciación y Bioinformática de la Fundación Fisabio ha secuenciado cerca de 4.000 muestras del virus del SARS-CoV-2, lo que representa el 70% de las secuencias de virus obtenidas en España
Esta cifra de genomas secuenciados sitúa a España como el cuarto país del mundo en número de secuencias aportadas a la red GISAID (repositorio mundial público de secuencias). Esta secuenciación es clave para el conocimiento de la dispersión del virus y el desarrollo de nuevos medicamentos, tratamientos y vacunas.
“Sin esta importante inversión en infraestructuras, la Fundación Fisabio no hubiera podido poner en marcha con tanta rapidez un laboratorio de diagnóstico de emergencia y de vigilancia del virus SARS-CoV-2 que nos ha permitido ofrecer una respuesta efectiva ante la pandemia. Este papel fundamental en el seguimiento de la COVID-19 también será alcanzable para la vigilancia de otros brotes en la Comunitat Valenciana en un futuro”, destaca José Antonio Manrique, director gerente de Fisabio.
Secuenciación masiva de última generación para la vigilancia epidemiológica
El proyecto de secuenciación del virus, liderado por el investigador del IBV-CSIC, Iñaki Comas, se centra en la obtención de secuencias completas del genoma del SARS-CoV-2 y en la recogida de datos epidemiológicos del virus para establecer las rutas detalladas de transmisión en diferentes áreas geográficas y comprender mejor la dinámica del virus.
Este proyecto, que co-lidera Fernando González, responsable de la Unidad Mixta de Investigación en Infección y Salud Pública de la Fundación FISABIO-Universitat de València y del Laboratorio en Red de Vigilancia de Resistencias a Antimicrobianos de la Comunitat Valenciana, también financiado con fondos de la UE, evalúa el impacto de las diferentes medidas adoptadas ante la pandemia, analizando el número de infecciones no diagnosticadas, con el objetivo de proporcionar información útil para la vigilancia en los próximos meses.
En el estudio se obtendrán y analizarán unas 15.000 secuencias completas del genoma del virus, procedentes de más de 30 laboratorios clínicos de Microbiología de toda España.
Una gran parte de estas secuencias serán obtenidas por el Servicio de Secuenciación y Bioinformática de Fisabio, que coordinan Llúcia Martínez Priego y Giuseppe D’Auria. Este servicio ha aumentado considerablemente sus capacidades máximas con la financiación recibida por los fondos de Política de cohesión de la UE. En particular, la adquisición de un secuenciador Illumina NextSeq500 ha permitido pasar de secuenciar 80 genomas bacterianos por semana a 400.
En concreto, en el caso de la secuenciación de SARS-CoV2, actualmente el Servicio de Secuenciación dispone de una capacidad máxima de 1.376 muestras a la semana. Con anterioridad a la financiación europea, esta capacidad era de 192.
Red Valenciana de Biobancos
Gracias también a la inversión de la política de cohesión de la UE, la Red Valenciana de Biobancos (RVB), gestionada por la Fundación Fisabio y coordinada por Jacobo Martínez, puede beneficiarse de las últimas innovaciones tecnológicas para afrontar los nuevos retos en el campo de los biobancos.
En el marco de la pandemia de la COVID-19 destaca la obtención de más de 10.000 muestras (de sangre periférica, ADN, ARN, plasma, suero, orina, saliva, etc.) de 7.050 pacientes con COVID-19 (clasificados como muy graves, graves leves y asintomáticos).
Asimismo, en los últimos 6 meses se han cedido muestras a través de la RVB a diferentes proyectos de investigación, entre cuyos fines se encuentran la caracterización clínica-biológica-molecular de la enfermedad COVID-19, el desarrollo de técnicas de diagnóstico virológico del SARS-CoV-2, la caracterización del virus SARS-CoV-2 y estudios de resistencia antiviral.
Los biobancos de la RVB disponen en la actualidad de alrededor de 215.000 muestras procedentes de 85.000 pacientes con enfermedades oncológicas, enfermedades crónicas, enfermedades raras, enfermedades infecciosas y enfermedades de alta prevalencia y de donantes sanos (controles), que se encuentran a disposición de los científicos para su uso en proyectos de investigación biomédica y en salud pública.
Laboratorios de Seguridad Biológica nivel 2+ y nivel 3
Con el apoyo de los fondos de la UE, Fisabio ha creado dos laboratorios de seguridad biológica de nivel 2+ y 3 que han permitido un laboratorio de diagnóstico de respuesta de emergencia ante una pandemia de SARS-CoV-2.
Este laboratorio, coordinado por Pedro Martí (Laboratorio de Salud Pública de València) y Xavier López-Labrador (Laboratorio de Virología de Fisabio-Salud Pública) ha realizado pruebas PCR de detección del nuevo coronavirus en más de 18.000 muestras. Ello ha permitido aliviar el circuito asistencial y realizar cribados en la comunidad, como en residencias de ancianos, brotes en empresas, etc.
Asimismo, estos laboratorios han facilitado la implementación de una red de información sobre los microorganismos patógenos identificados en los distintos centros sanitarios de la Comunidad Valenciana; así como la participación en proyectos europeos dentro del programa de “Investigación de Medicamentos Innovadores” en el área de las vacunas de la gripe, y en el programa del Consejo Europeo de Investigación de estudios integrales de la tuberculosis.
Hasta la fecha se han procesado más de 4.500 muestras de diferentes patógenos como los causantes de la tuberculosis, gripe, otros virus respiratorios, o agentes que se asocian a infecciones nosocomiales resistentes como la Klebsiella pneumoniae.
